Die Einführung von RFID-Technologien in einem Unternehmen ist mit Kosten verbunden. Die Hardware- sowie Softwareausstattung führen zu hohen Anschaffungskosten. Die Implementierung der Technologie in einem Unternehmen führt ebenfalls zu Prozessanpassungs- und Integrationskosten, durch Anpassung der Unternehmensstruktur an die neue digitale Infrastruktur. Um eine effiziente Nutzung zu gewährleisten, ist die Schulung der Mitarbeiter unumgänglich. Ebenfalls fallen auch hier Instandhaltungskosten an. Ob sich eine Umstellung auf RFID lohnt, kann nicht pauschal gesagt werden. Dies hängt vom jeweiligen Einsparungspotential ab und muss individuell betrachtet werden.
Der wesentliche Nachteil ist das Nichtvorhandensein von nationalen sowie globalen Datenschutzrichtlinien in Bezug auf den Umgang mit RFID. Transponder enthalten alle erdenklich möglichen Daten. Produktdaten wie auch personenbezogene Daten von Käufern, Adressen und dergleichen können auf den Chips gespeichert werden. Eine gesonderte Deaktivierung der einzelnen Chips erfolgt nicht flächendeckend. So könnten Unternehmen Daten über Einkaufsverhalten, Ort und Aufenthaltsdauer von Kunden und Angestellten sammeln. Dies würde einen eklatanten Eingriff in die Privatsphäre in Form der totalen Überwachung darstellen. In Deutschland steht dieser Gefahr lediglich das Bundesdatenschutzgesetzt gegenüber, welches eine Verarbeitung solcher Daten verbietet. Wirtschaftlich umstritten sind auch die Folgen für den Arbeitsmarkt. Durch immer mehr zunehmende Automatisierung gehen immer mehr Arbeitsplätze verloren. Aus medizinischer Sicht wären noch die Bedenken durch kontinuierliche Erhöhung des Elektrosmogs zu erwähnen, welche zu Spätfolgen führen könnten.
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